在工厂签订合同，在不满期限的情况下扣除工资是合法的吗？

需扣除。可要求用人单位支付经济补偿和未签订劳动合同的双倍工资：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年向劳动者支付一个月工资。未签订劳动合同的双倍工资从劳动者入职的第二个月开始，按月工资标准的两倍计算，支付时需减去期间公司已支付的工资。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。